Analisi delle due tecniche di ionizzazione introdotte in spettrometria di massa agli inizi degli anni '90 e definite "soft": la ionizzazione electrospray (ESI) e la ionizzazione per desorbimento laser assistito da matrice (MALDI). Una lezione del professore Salvatore Foti, ordinario di Chimica organica all'Università di Catania, nell'ambito dell'offerta formativa (OF3) del progetto Brit, Bio-nanotech Research and Innovation Tower
nell'ambito degli studi sui principi e la metodologia della protemica, agli inizi degli anni '90 sono state introdotte due tecniche di ionizzazione "Soft" in spettrometria di massa: la ionizzazione electrospray (ESI) e la ionizzazione per desorbimento laser assistito da matrice (MALDI). Di rapida diffusione, hanno rappresentato una rivoluzione nell'applicazione della spettrometria di massa nell'analisi di molecole ad elevata massa molecolare, non volatili o termicamente poco stabili, come le biomolecole. L'enorme impatto che queste tecniche hanno avuto nello studio delle proteine è stato riconosciuto con l'attribuzione del premio Nobel per la Chimica nel 2002 a John Fenn per lo sviluppo delle tecnica ESI e a Koichi Tanaka per lo sviluppo della tecnica MALDI.
Querst'ultima si basa su un processo di desorbimento/ionizzazione effettuato mediante l'interazione tra un raggio laser pulsante di una certa intensità e un analita solido disperso all'interno di una matrice solida. Vengono prodotti quasi esclusivamente ioni molecolari protonati in modalità positiva e deprotonati in modalità negativa. La selezione della matrice e l'ottimizzazione del protocollo per la preparazione del campione sono le fasi più importanti nell'ottenimento di uno spettro MALDI perché da essi dipende la qualità del risultato. La sorgente MALDI, spesso combinata con un analizzatore di ioni a tempo di volo (TOF), è adatta per ottenere spettri di peptidi o proteine ad elevata massa molecolare, anche in miscela.